La chiesa è stata oggetto di numerosi ampliamenti, riconosciuti in fase di scavo dalla Soprintendenza di Milano e catalogati in 7 periodi diversi a partire dal XIII secolo.

Ciò ha prodotto un quadro fessurativo piuttosto importante dovuto a cedimenti differenziali su un terreno di scarse caratteristiche geotecniche.

Le fondazioni sono state rinforzate con micropali, impiegati anche per il nuovo ampliamento delle due ali, con lo scopo di arrestare i fenomeni in corso ed evitare futuri assestamenti differenziali.
Le murature rimosse sono state sostenute con grossi portali in carpenteria metallica, ben collegati alla struttura delle due ali laterali, in grado di assorbire tutte le componenti sismiche.